В последующие годы финансирование и развитие немного приостановились. Однако Дом милосердия использовался активно: в нём располагались приют, церковно-приходская школа и богадельня. Настоятелем храма служил прот. Пётр Никольский, жена которого Елена Александровна занималась школьным образованием детей.
Начавшаяся Русско-японская война усилила экономические трудности, вызвав снижение финансовой активности и нестабильность в стране.
Однако поселок быстро разрастался благодаря наличию церкви, привлекающей новых жителей. Храм, хотя и скромный изначально, сразу завоевал популярность среди местного населения. Регион начал развиваться именно вокруг храма, население увеличивалось, особенно за счет приезжих, вынужденных искать дешевое жилье вблизи церкви. Очень скоро стало ясно, что существующие площади недостаточны, в праздники верующие вынуждены были стоять даже на лестницах и в вестибюле.
В связи с этим в 1905 году было принято решение расширить храм, добавив два боковых зала, создавая дополнительное пространство для молящихся. Такие изменения увеличили вместимость и улучшили атмосферу богослужений, способствуя росту популярности храма.
Тем не менее, это оказалось лишь временным решением. Общество поставило цель постепенного усовершенствования и украшения храма, осознавая, что полноценная реализация первоначального замысла потребует длительного процесса и больших ресурсов.
Некоторые части здания Дома милосердия, такие как цокольный этаж и отдельные помещения на первом и втором этажах, еще довольно долго оставались необустроенными. Для решения проблемы члены Общества из купцов и подрядчик решили самостоятельно закончить стройку, рассчитывая впоследствии компенсировать расходы. В результате на первом этаже разместилась богадельня, детские игровые и учебные классы, а также жилье для учительницы. Второй этаж занимал храм и квартира священника.
Освящение всего здания планировалось на октябрь 1905 года, но железнодорожная забастовка перенесла церемонию на конец года. Приемка строительных работ состоялась в декабре, выявлены некоторые недостатки в подвале, вызванные подтоплением. Подрядчик обязался устранить проблему в следующем году.
В 1906 году подвальное пространство окончательно привели в порядок, устранив поступление грунтовых вод. Здесь организовали профессиональные курсы для воспитанников приюта: сапожный класс и типографию, оборудованные местными мастерами и предпринимателями. Помимо учебных классов, подвальные помещения включали кухню, хлебопекарню, столовую и складские помещения.
Жизнь в новом общественном здании начала налаживаться по установленному распорядку. В 1907 году председателем правления снова избрали священника И.К. Лабутина, а должность старосты занял П.А. Седов. Прежнего настоятеля храма, священника П.И. Никольского, заменил назначенный священникС.М. Попов, ранее бывший миссионером в Северной Америке. Назначение нового настоятеля было связано с задачей миссии, которую выполняло Общество: привлечение иноверцев к православной вере, ставшее трудновыполнимым после закона о свободе вероисповедания 1906 года. Общество сталкивалось с ростом сектантства и влиянием иностранных проповедников, обладающих большими финансовыми ресурсами. Ограниченные финансы организации вынуждали свернуть многие программы, такие как миссионерские курсы и воскресные школы. Руководством Общества было принято решение сосредоточить усилия на поддержании основной базы своего существования — домовладения в Александровской слободе, включающего приют, благотворительные и образовательные заведения.
Перед Обществом стояла задача сначала привести в порядок собственное хозяйство, прежде чем возобновлять внешнюю деятельность. Особенное внимание уделялось состоянию церкви, которая играла важную роль в районе, фактически являясь приходским храмом.
В период с 1908 по 1909 годы храм подвергся важным изменениям: над входом появились хоры с винтовой лестницей, а центральная часть крыши была приподнята. Несмотря на увеличение площадей, число прихожан продолжало расти вместе с населением посёлка, что сделало храм опять тесным. Осознавая проблему, правление приняло решение о дальнейшем расширении храма. Летом 1910 года началось новое масштабное строительство. Были сняты стены, разделяющие центральный храм и примыкающие комнаты, установлены металлические балки для укрепления конструкции. Перемещённая перегородка позволила убрать духоту и жар в помещении.
Крестный ход и праздничная служба 17/30 октября 1910 года ознаменовали завершение основных ремонтных работ. Далее, вплоть до революции, храм нуждался лишь в косметическом ремонте и мелких доработках.
В 1912 году Общество столкнулось с рядом потерь: скончались важные фигуры, включая крупного благодетеля Николая Андреева, инициативного руководителя священника Иоанна Лабутина и высокочтимого покровителя митрополита Антония (Вадковского).
1914 год стал знаковым событием для Общества, поскольку церковь святого преподобномученика Андрея Критского получила новые металлические позолоченные кресты, заменившие старые деревянные. Согласно отчету правления, старый материал потерял блеск и привлекательность, поэтому возникла потребность замены. Три новых креста были подарены анонимным жертвователем через старшего члена общины Павла Седова. Подготовкой к установке занимались специальные рабочие бригады, руководимые членами правления и помощником старосты Петром Клименковым. Деревянные элементы колокольни были заменены новыми материалами, а сама конструкция покрашена заново.